黑果小檗，落叶灌木，高1-2m。茎直立，基部多分枝，嫩枝褐色，老枝灰色，刺单一或3分叉，长1-3cm，暗褐色。叶簇生，革质；叶片卵圆形、倒卵形或椭圆形，长2.5-7cm，宽2-5cm，先端钝圆形、基部渐狭，全缘或具疏锯齿，上面绿色，下面黄绿色，有不清晰的叶脉。总状花序稀疏，具3-9花；花黄色，直径8-12mm，花梗长5smm；苞片披针形；萼片宽卵形，淡红色；花瓣6，基部具2个圆形腺体；雄蕊6；子房筒状，花柱先端盘状，胚珠6，有短柄。浆果球形或广椭圆形，紫黑色，被一层灰粉。种子5-6颗，多皱纹，花期5-6月，果期7-8月。