阿尔泰扭藿香，多年生草本，高20-30cm。茎多数，直立或上升，分枝或不分枝，茎、枝均四棱形，被微柔毛及腺毛。叶对生；叶柄短，大多数不超过1cm，在上部的近无柄；叶片卵圆形或卵状心形，稀1-2.5cm，宽0.8-2(-3)cm，先端钝或急尖，基部多数心形，稀近截形或圆形，边缘具圆齿，两面密被短柔毛及腺点，网脉在下面凸起。聚伞花序腋生，总梗极短，长5mm至近无柄苞片小，线状披针形，被短柔毛；花萼管状钟形或近管形，长8-9mm，具12-15脉，外密被短柔毛及腺点，内面在喉部具毛环，萼齿5，二唇形，齿狭卵圆形或长圆状卵圆形，上唇3齿较高；花冠蓝色，长16-18mm，外被短柔毛，冠筒外伸，向上扩大，冠檐二唇形，上唇3裂，中裂片较大，先端微凹或浅2裂，侧裂阔椭圆形，下唇2深裂，裂片近圆形；雄蕊4，仅前对外伸；花柱外伸，先端2裂，裂片近相等。小坚果长圆状椭圆形，长约2mm，暗褐色。花期6-8月。