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腹泻的原发疾病或病因诊断主要须从病史、症状、体征、常规化验特别是粪便检验中获得依据。许多病倒通过仔细分析病史和上述检查的初步结果，往往可以得出正确诊断。

如诊断仍不清楚，可进一步作X线钡灌肠和钡餐检查，和（或）直、结肠镜检查。如仍无明确结论，则须根据不同情况选用超声、CT、内镜逆行胆胰管造影（ERCP）等影象诊断方法以检查胆、胰疾病，或进行小肠吸收功能试验、呼气试验、小肠粘膜活检以检查小肠吸收不良。

高度怀疑肠结核、肠阿米巴病等有特效治疗的疾病，经过努力都不能确诊时，可在一定限期内进行治疗试验。