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肠易激综合征的治疗方法因人而异。有引起本病明确的食物因素者，或心理紧张、情绪障碍者，如果可能的话，应避免和清除这些因素。对大多数病人，尤其是主要表现为便秘者，规律的体育活动有助于胃肠道功能恢复和保持正常。

一般说来，能进食普通饮食当然最好。有腹胀和胃肠胀气者应避免豆类、白菜以及其他难以消化的食物。应避免大量使用加有山梨醇这类人工增甜剂的食物、药物和口香糖。只能小量摄入果糖（水果、浆果和一些植物中的常见成分）。低脂饮食对改善病人症状有一定作用。同时患有肠易激综合征和乳糖酶缺乏症者应避免进食奶制品。

有些肠易激综合征病人，尤其是主要症状是便秘者，可通过进食较多的纤维素来改善症状。每天进食一茶匙未精制麦麸和大量水和其他汤或饮料，或用两杯水冲服车前草胶浆剂。如此，饮食中纤维素的增加可减轻病人症状，如腹胀和胃肠胀气。

减弱胃肠道功能的药物是一些解痉药，如普鲁本辛。虽然常使用，但至今并未证明它对本病有效。止泻药如苯乙哌啶和易蒙停有助于治疗腹泻者。抗抑郁药物、轻度镇静剂、精神治疗药物、催眠剂和行为矫正疗法对有些肠易激综合征患者有效。