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全身性细菌感染，特别是腹腔内感染时，细菌侵入肝脏，如果病人抵抗力弱，可发生肝脓肿。细菌可以下列途径进入肝脏：①胆道：胆道蛔虫症，胆管结石等并发化脓性胆管炎时，细菌沿着胆管上行，是引起细菌性肝脓肿的主要原因;②肝动脉：体内任何部位的化脓性病变，如骨髓炎，中耳炎、痈等，特别在发生脓毒血症时，细菌可经肝动脉进入肝脏;③门静脉：已较少见，如痔核感染、坏疽性阑尾炎、菌痢等，引起门静脉属支的血栓性静脉炎：脓毒栓子脱落进入肝内，即可引起脓肿。④肝外伤：特别是肝的贯通伤或闭合伤后肝内血肿的感染而形成脓肿。

细菌性肝脓肿的致病菌多为大肠杆菌，金黄色葡萄球菌等，单发性肝脓肿脓腔有时可以很大，多发性肝脓肿的直径则可在数毫米至数厘米之间，数个脓肿也可融合成一个大脓肿。