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血液透析的主要并发症为透析导管或血管通道的堵塞和感染。透析导管或血管信道的堵塞一般由外科医师来处理，需及时换透析导管或把血栓拿掉，必要时要改造或重新建立血管通道。

近年来放射科医师已能用非手术的方法来清除血栓并弄通血管通道，在这方面的成功率越来越高。

另外，透析导管和血管通道也较容易发生感染，如为严重感染的话，除及时使用有效的静脉抗生素外，需请外科医师把透析导管或血管通道拿掉，以阻止感染的进一步扩散。