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其治疗原则是根据便秘轻重、病因和类型，进行综合治疗，恢复正常的排便习惯和排便生理。

1、一般治疗：加强排便的生理教育，建立合理的饮食习惯(如增加膳食纤维含量，增加饮水量)及坚持良好的排便习惯，同时应增加活动。

2、药物治疗：

选用适当的通便药物。选择药物应以少有毒、副作用及药物依赖为原则，常选用的如膨松剂(如麦麸、欧车前等)和渗透性通便剂(如福松、乳果糖)。应用福松治疗功能性便秘的随机对照观察显示，对增加排便次数和改善粪便性状疗效均称好。对慢传输型便秘，还可加用促动力剂，如西沙必利或莫沙必利等。需要注意的是，对慢性便秘患者，应避免长期应用或滥用刺激性泻剂。多种中成药具有通便作用，但需注意长期服用中成药治疗慢性便秘时，应注意其内的成分及其副作用。对粪便嵌塞的患者，清洁灌肠一次或结合短期使用刺激性泻剂以解除嵌塞。解除后，再选用膨松剂或渗透性药物，保持排便通畅。开塞露和甘油栓有软化粪便和刺激排便的作用。复方角菜脂酸能对治疗痔源性便秘有效。

3.心理疗法与生物反馈：

中、重度的便秘患者常有焦虑甚至抑郁等心理因素或障碍的表现，应予以认知治疗，使患者消除紧张情绪。生物反馈疗法适用于功能性出口梗阻型便秘。

4.外科治疗：

如经严格的非手术治疗后仍收效不大，且各种特殊检查显示有明确的病理解剖和确凿的功能性异常部位，可考虑手术治疗。外科手术的适应证包括继发性巨结肠、部分结肠冗长、结肠无力、重度的直肠前膨出症、直肠内套叠、直肠粘膜内脱垂等。但应注意有无严重的心理障碍，有无结肠以外的消化道异常，术前需要进行预测疗效。